La CNAN a través de los peritajes antropológicos atiende desde sus diferentes especialidades temas sobre diversidad cultural, algunos de estos casos son:

Cinco personas fueron detenidas en el Estado de Baja California debido a la extracción y aprovechamiento de material pétreo dentro de un área natural protegida, por tal motivo se solicitó un peritaje en antropología, el cual aporto elementos sobre la historia migratoria y laboral de las personas imputadas, ya que eran indígenas migrantes. La importancia de conocer el contexto de estos indígenas permitió al juzgador percibir la ética comunitaria basada en la confianza de la palabra entre las personas, y por lo tanto, entender por qué los contratos orales, que son comunes en las zonas de jornaleros del estado, representan para los indígenas un acuerdo de garantía de legalidad para su trabajo. 

Dos grupos pertenecientes a un ejido, ubicado en el municipio de Tlaltizapán, Morelos reclama reconocimiento de tierras ejidales argumentando diferencia. Durante el recurso de revisión ante el Tribunal Unitario Agrario se ordena al Tribunal allegarse de pruebas que determinen si el Ejido conserva el carácter de comunidad. En este sentido es que se solicita la elaboración de un peritaje antropológico. El peritaje no encontró evidencia de que en el ejido coexistieran dos grupos diferenciados entre comunidad agraria e indígena, ya que se mezclan, se documentó la existencia ancestral del poblado.

Una mujer de origen nahua, originaria del Ejido Cuochumo, municipio de Benito Juárez, Veracruz, y radicada desde hace años en el Estado de México, es procesada por un delito electoral. El juzgador ante la duda de saber si la persona comprende o no suficientemente el español solicita un peritaje en antropología. Para atender este asunto se requirió a dos especialistas, uno en lingüística y otro en antropología social, de esta forma se puso analizar no solo el uso de la lengua sino también el contexto en el que se aprendió el español para determinar que la persona imputada a pesar de convivir en un medio urbano no entiende lo suficiente el español para enfrentar un proceso, por lo que se recomendó el nombramiento de un intérprete y traductor.

En el marco de reconocimiento de derechos colectivos, dentro de juicio de amparo promovido por Cervecera Modelo S.A. de C.V. en contra el municipio de Magdalena Teitipac, Tlacolula, Oaxaca se discutió la facultad que podía tener el municipio indígena para prohibir la venta de la cerveza en el municipio. El peritaje se enfocó en dar elementos al juez sobre la legalidad de la toma de decisiones dentro del municipio y las comunidades indígenas en el estado. Finalmente el juzgador negó el amparo a la Cervecera y valido la decisión de las autoridades comunitarias.